黑锹小角（小林昭二 饰）率领的忍者军团行动失败，柳生鞘香（松尾嘉代 饰）带领其麾下的女子刺客军团继续追踪拜一刀父子的踪迹。 阿波藩的蓝玉制造密法被幕府盗走，拜一刀（若山富三郎 饰）受聘刺杀盗走密法之人。一路上拜一刀父子不断受到柳生鞘香女子军团的袭击，但都一一化解。拜一刀登上护送之船，柳生鞘香亦尾随而来，有所察觉的保镖弁天来三兄弟放火烧船后逃走，拜一刀父子连同鞘香逃出生天。 弁天来三兄弟逃至沙漠，击溃在此等候的阿波藩刺客，却最终无法避免与拜一刀的生死决战……
近未来，奥特普能源公司研发出一种利用平行宇宙获取新能源的方法，并盛情邀请飞行员兼物理学家威廉·波特（丹·史蒂文斯 Dan Stevens 饰）协助。因为要照顾身为单亲妈妈的妹妹米娅和患有心理疾病的侄子东尼，威廉婉拒了奥特普的邀请，后抱着强烈的使命感和好奇心，决定投身新计划。不料，就在威廉穿越至另一个宇宙时，系统不稳定导致宇宙即将坍塌。面对机甲和反叛组织的追逐，威廉必须拼尽全力，为了保护心爱的家人和真实宇宙，尽快解决如同末日来临般的大危机。
“你是否拥有成为勇者的资格”——自称“宇宙贤者”的神秘男子“萨斯卡尔”对主角优马说的这句话，就是这场战斗的开始。他对优马施加了超乎想象的终极考验。“如果你失败了，将会失去亚刻的力量……” 以怪兽防灾科学调查所“SKIP”成员的身份守护星元市的和平、聚集在“SKIP”的同伴们建立起来的信赖纽带、打败怪兽的意义……这些纠缠在一起，而正是因为获得了能够变身为奥特曼的光，现在又被萨斯卡尔玩弄于股掌之间，优马只能独自承受接二连三来到的沉重使命! 狂暴的大怪兽们、邪恶的外星人，在连时空都被扭曲的超次元中，黑色的亚刻奥特曼——“基尔亚刻”出现了。 优马——亚刻奥特曼究竟能否战胜超越“想像力”的终极考验，守护未来呢? !
