万物皆有灵，自然之力汇聚成了各种拥有意识的仙子。但是，由于人类不爱惜自然更有被封禁的力量觉醒，仙子们受到了伤害。人类少女遇到了来自水底的仙子，并与他相知多年。但是两人却无法跨越仙、人之隔。少女在奇妙的旅途中，决心寻找属于自己的力量。她相信人类也是自然的一环，定有人与自然和谐共存之法。她能否守护自然？
神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
