快餐店打工仔阿银（周星驰）某日送快餐时邂逅正在武术训练馆学习日本空手道的阿丽（钟丽缇），对其一见钟情。遭遇同样喜欢阿缇的武馆教练林国斌的羞辱后，自觉太弱小的阿银决定拜自称为“魔鬼筋肉人”的达叔（吴孟达）为师，达叔一开始只想骗取阿银的钱财，终被其善良和执着打动，开始教授其中国古拳法。 阿丽遇坏人拦截，阿银头戴加菲猫面具出手相救，情急之下从高台上抱着歹徒滚下，却由此创出了“无敌风火轮”，不料事后被林国斌领功。为了证实自己的实力，阿银报名参加了搏击比赛与林国斌决斗，想借此再赢阿丽芳心。
故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆?李?琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔?史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……
