在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
胡海镇出现红氤天气，否否半夜到宠物医院给鸡看病，最终发现鸡生病是由于体内产生氤石，氤石成为极为珍贵的宝石。否否的母鸡秀兰下的蛋中有氤石的事情被贾巨发和李镇长知道，二人开始争夺母鸡秀兰。最终都被禽兽超人打败。否否爸和否否撕破脸，禽兽超人在一次营救动物的过程中陷入绝境，否爸被感动，父子一起拯救动物。万万没想到胡海镇开始出现人氤石，禽兽超人开始和终极大BOSS开战。。。。
龙武二十七年，天空突降怪雪，此雪不寒且温，亦不融，后世称之为“暖雪”。在 “暖雪“降下后的三个月，除魔组织“慈母教”的头号刺客狴犴奉命前往皇城，在这段路途中，关于这王朝由盛转衰、四大家族逆天而行的历史碎片徐徐展开……
骊珠洞天破碎，少年陈平安肩负重任，护送李宝瓶等人前往大隋求学。路途凶险万分，既有大骊铁骑追杀，也有精怪鬼魅环伺。前有神秘剑客阿良现身相助，后有文圣，崔诚等人悉数登场。少年郎行万里路，挥百万拳，肩头既有草长莺飞也有责任使命。人间山水郎，踏上了他的成长征途。
