新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去...
目が覚めると、そこは見知らぬ森だった。 どうやらここは俺の知らないファンタジー世界らしい。 周囲を見渡せば、おっかない異形の魔獣だらけ。自分の姿を見てみたら、そこには…???って、オイ！ 俺、卵に転生したっていうのかよっ！？ 進化先にドラゴンとはあるものの、そもそも卵から孵るには魔獣を狩ってLVを上げなきゃいけないっぽい。 戦うなんて絶対無理！だって俺、卵じゃああぁああああん！！ なんとか進化はできたものの、せっかく出会えた人間からは“モンスター認定”される始末。 俺はただ、人間と仲良くなりたいだけなんだよおおおおお！！ いつだって絶体絶命！
