林云转世到了天水国青云宗剑奴的身上，重生后，林云原本悟性极差的资质变得与众不同起来，一套猛虎拳后，竟直接突破到可以成为宗门外门弟子的武道三重。“一日为剑奴，终生为剑奴”，即使获得成为外门弟子的资质，林云依然被宗门其他弟子嘲笑，加上剑奴时期的林云对宗门的天之骄子苏子瑶有念想，此云泥之别更为同宗门弟子所嘲笑，而苏子瑶对林云的照顾也让其他弟子嫉妒。玄黄世界，实力为尊，重生后的林云努力和奇遇，成为内门弟子，并最终力挽狂澜帮助青云宗赢得天水国四大门派三年一度的比武大会，守住了灵脉，也收获了宗门的敬重。
由狗统治的汪财星和由猫统治的喵美星都想和星星球建立联盟，于是各自派出亲善大使来星星球考察，并想办法拉拢星星球人。汪财星和喵美星是两个敌对的星球，他们同时来星星球的目的除了和星星球加强交流外，另一个原因就是为了不让对方好过。他们常常针锋相对，不断引发矛盾。超人们在继续守护星星球的同时，还必须防止汪财星人和喵美星人的争端引发星星球的危机。同时，两个大使的孩子就读超星学院，两孩子之间的争斗给校园增加了许多麻烦。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
