在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
本季围绕王者大陆中的长安城，从新人云缨加入大理寺开始，她与李元芳携手执行任务，逐步揭开尧天组织的神秘面纱。尽管大理寺与尧天组织的成员们分属不同阵营，但他们都在以??的?式守护着长安，追求着?中的正义。
东方青苍大战后重返苍盐海，竟落入孔雀军师的陷阱，一波未平，一波又起，另一边，战神赤地频繁现身于小兰花的梦境之中，所为何意？东方青苍与小兰花的冤家旅程行至半途，游离于三界之外的影三界进入众人视野，一个关乎三界平衡的巨大隐秘逐渐浮出水面。
【bilibili出品】为了那一抹璀璨的蓝色，我们无怨无悔，为了生命得以延续，没有什么可以阻止我们！ @大宇宙时代动画官方
