在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
本片讲述了心地善良的皇女艾丽婕为了救伙伴从天界跌落到了海底世界阿拉德大陆，由此经历了一系列令她快速成长的冒险事件，并收获了亲情与友谊。最终她克服重重困难，战胜了怯懦，勇敢背负起最高祭司的责任，成长为人人爱戴的天界女皇。
李无妄某天突然觉醒，发现自己作为反派，正挟持万潮宗圣女晚筝出逃。就在李无妄还没反应过来时，面前出现的“系统”则快速向其发布了任务：剥夺天命之人的天命值。要么完成任务活下来，要么任务失败，成为死于天命主角剑下的蝼蚁。
神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
