神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
景云霄本是龙域大陆至高无上的轮回大帝，遭受他人暗算时，施展五转轮回决重生成为红叶镇景家的一名少年。利用前世记忆，景云霄帮助景家解决了黑龙寨之危，但爷爷景御风也因此伤重。无奈之下，景云霄只能肩负起拯救家人的重任，只身来到荒石城寻药。
在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！
魔种白擎天之子，在圣玄宗弟子入门考核时觉醒无限顿悟系统，靠着故意引人嫉妒获得的顿悟机会，展现出逆天的天赋，但因为叛徒之子的身份，最后被上代圣子收为弟子。为获得顿悟机会，白墨总是故意和嫉恨自己的人行走一起，不停表现天赋引人嫉妒，修成各种强大的术法，获得前往麒麟秘境的资格。
