十五年前，丁晓前世在与白衣古神的旷古决战中殒没。十五年后，丁晓七岁结灵胎，特招入镇灵司，却被判定为废相而沦为背棺人，八年来受尽冷眼。 镇灵司分为八部，而灵部与归部夙怨颇深。 机缘之下，丁晓觉醒了相力，在考核赛中成为了归部的英雄，也成为了灵部的眼中钉。与此同时，各地起煞事件越来越频繁。为救妹妹丁灵的怪病，丁晓再次踏上了度化灵煞的征途，随后被卷入到一场惊天阴谋之中，幕后黑手也渐渐浮出水面，而这一切似乎与丁灵的怪病有关。
由狗统治的汪财星和由猫统治的喵美星都想和星星球建立联盟，于是各自派出亲善大使来星星球考察，并想办法拉拢星星球人。汪财星和喵美星是两个敌对的星球，他们同时来星星球的目的除了和星星球加强交流外，另一个原因就是为了不让对方好过。他们常常针锋相对，不断引发矛盾。超人们在继续守护星星球的同时，还必须防止汪财星人和喵美星人的争端引发星星球的危机。同时，两个大使的孩子就读超星学院，两孩子之间的争斗给校园增加了许多麻烦。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
