曹焱兵一行因芦花古楼的覆灭被皇甫龙斗领导的天罡龙棋将栽赃嫁祸，全员受到灵域的通缉，在经过“天武街”和“风雷街”时，他们分别遭遇了王国组织的第三骑士红莲与第十骑士凯米拉。其后，曹焱兵为探寻母亲下落，故意被缉拿至由群英殿镇守的死牢“千机黑刹”。而其伙伴们为救曹焱兵，在多方驰援下，各方势力齐聚群英殿，展开了一场精彩绝伦的群英荟萃之战。
高冷傲娇的建筑系天才学霸李季，被异世界生物闇麒麟绑架到了一个叫魄念空间的秘境，秘境中是一片远古天庭的废墟遗迹，闇麒麟告诉他，想要回去必须得通过天道的考验，而这个考验就是重建天庭……
本片讲述了心地善良的皇女艾丽婕为了救伙伴从天界跌落到了海底世界阿拉德大陆，由此经历了一系列令她快速成长的冒险事件，并收获了亲情与友谊。最终她克服重重困难，战胜了怯懦，勇敢背负起最高祭司的责任，成长为人人爱戴的天界女皇。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
