本剧根据都梁的小说《百年往事》改编而成。清咸丰年间，京城琉璃厂的百年南纸店松竹斋因质优货全而为文人墨客喜爱，名满京门。1860 年的第二次鸦片战争中，松竹斋掌柜以古墨为郑元培将军止血疗伤、救其性命。郑将军以怀素和尚的《西陵圣母帖》和宋徽宗赵佶的《柳鹆图》为谢。第二代掌柜张山林（马维福 饰）沉溺玩乐，连带侄儿张幼林（李滨 饰）也无心读书。郑家后人秋月（杨斯 饰）沦落风尘，得刑部杨宪基大人（刘伟明 饰）搭救来到京城，终与张家相认。张幼林因打人入狱，却因祸得福结识了西北刀客霍震西（王心海 饰）。期间经营不善的松竹斋濒临破产，幸亏新掌柜庄虎臣（刘佩琦 饰）大力革新，松竹斋改号松鹤斋，才得以起死回生。成年的张幼林（张嘉译 饰）尽管对秋月有情，却终依母命，娶米店千金何佳碧（姚晨 饰）为妻。时光荏苒，下一代掌柜王仁山（郑晓宁 饰）与张家继续苦心经营松鹤斋，百年老店...

本剧是一部描写现代家庭情感的电视剧，导演和主创人员皆为电视剧《红蜘蛛》的原班人马。每两集一个故事，通过对十个具有典型性的“问题家庭”的案例分析，向人们提出警示—该以怎样的态度面对家庭矛盾，以维持家庭的圆满，避免悲剧的发生，促进社会的安定团结。剧中通过十个家庭案件，揭示出个人内心的虚弱，描绘了人们由于情感错位引起的犯罪。导演将通过“情感十戒”向观众警示：每个人都应保持对生存的警戒，坚守生存规范。 　　该剧延续了《红蜘蛛》的纪实风格，并且加强了整体的艺术性。都晓介绍说，《家庭档案》不完全是纪实，但故事却力求真实，贴近老百姓的生活。为此，在演员的选择上剧组拒绝大腕加盟，选用一些实力很强的演员，除了史可、李婷、刘冠军等几位观众熟悉的演员外，大多数演员都是新面孔。

进城务工的青年王大春（江宏恩 饰）自幼痛失父爱，全靠母亲翠菊（张少华 饰）辛辛苦苦将他拉扯大。但是大春心中却有着难以为人道出的痛苦，他的妈妈长相丑陋，这不仅让他倍感羞耻，还影响了自己的恋爱。因此，在和心仪女孩赵小旭（冯一非 饰）相恋乃至结婚的过程中，他始终称自己父母双亡，甚至结婚典礼也不愿让母亲参加。 　　丑娘来城寻找儿子，却不得相认。机缘巧合他遇到了某企业老总李建平（侯天来 饰），最终被对方当作亲娘一般带回家中。而李的豪宅刚好和儿子的小屋相去不远。她日日遥望不远处的儿子与儿媳，然终究无法靠近……

女性时尚杂志《美丽》副主编艾雨（许晴饰）与某汽车品牌的地区经销商谷烽（姜武饰）在外人眼里是一对令人羡慕的夫妻，他们家境优越，彼此恩爱甜蜜，正准备要一个孩子来成就一个完整的家庭。 　　不料，在另外一座城市中发生的一起妻子因为长期遭受家庭暴力，结果愤然杀夫并企图自杀的案件却引发了巨大的波澜，彻底改变了这对夫妻的生活轨迹。 　　原来，谷烽与这个家庭有着一段不可磨灭的往事…… 　　当得知艾雨的手下天娜要去受害人徐天爱所在的城市采访调查时，一直隐瞒自己过去的古烽再次欺骗了艾雨，企图阻止天娜调查，暗中来到了这座城市。 　　天娜调查时意外得知徐天爱当年曾经被人强奸过，于是对此事展开调查，意外在图书馆的陈年报纸当中找到了关于徐天爱被强奸的报道，报道中，谷烽的名字赫然出现在强奸犯的后面。 　　带着疑惑的天娜回来立刻去找谷烽，要他把一切解释清楚。谷烽悲伤的看着天娜，提出了自己唯一的要求，就...