《小妖在人间》主要讲述一位网络小说作家，写着千篇一律的穿越小说。觉得自己前途渺茫，突然有一天，他突然被逆向思维触动，决定写作一部反穿越的小说…… 某日，妖界一众妖族忽感妖力突然衰减，四位年轻妖族成员，熊、狐、猴、龟被妖族族长唤至洞府。从牛马二长老口中，四妖得知一个惊人秘密。原来支撑妖界的界心被盗。如不迅速寻回，不但众妖无法继续修炼，妖界也将暴露于世间。届时不啻为妖界灭顶之灾。妖界挑选熊、狐、猴、龟四妖前往人间，寻找界心，拯救妖界……
渴望自由的间谍云为衫（虞书欣 饰）为完成任务深入宫门，在阴森诡谲的宫门之中遇到爱情、友情，找寻自我，坚定前进方向，与叛逆的公子哥宫子羽（张凌赫 饰）一同成长。
骊城公安局最年轻的法医齐思哲（罗云熙 饰），因一场车祸失去了女友俞菲，但他发觉意外的背后似乎隐藏着神秘的幕后推手。为了调查真相，齐思哲入职成为河城市公安局的刑侦法医，却被迫卷入一桩桩令人细思极恐的奇诡悬案之中，身亡许久的被害者被重重蛛丝包裹，失踪的尸体出现在标本室的福尔马林中……在侦破过程中，他与祝青越（刘雅瑟 饰），韩烽（江奇霖 饰）强强联合，抽丝剥茧屡破奇案，而牵涉当年俞菲之死的“原钻”毒品案，也逐渐展露冰山一角……
